在临床检验过程中化验结果通常用阴性和阳性来表示，阳性代表着异常、有病变，阴性代表着正常。新型冠状病毒检测出阴性是指人的体内现在没有，以前也没有感染过冠状病毒。而阳性是指人体内现在存有或者是曾经感染过冠状病毒。
新型冠状病毒阴性通常是指患者的咽拭子、痰液或血液进行新型冠状病毒核酸的检测为阴性的时候，有时也可对其呼吸道分泌物或血液进行新型冠状病毒基因的测序为阴性的时候，患者可能无新型冠状病毒的感染。但此项实验有一定的假阴性的效果，部分患者需要经过多次的检测可以变为阳性。
部分患者还需要通过流行病学史，即患者近期前往过疫区或接触可能被感染的患者时，肺部CT又有病毒性肺炎改变时，此时亦可以做出初步的判断有新型肺炎的形成。故临床上通常根据新型冠状病毒核酸的检测，联合临床症状、既往史、胸部CT来综合诊断新型冠状病毒的感染。
为何核酸检测结果会出现假阴性？
中国工程院院士、清华大学生物医学工程系讲席教授程京表示，这可能由多种因素导致。“首先，试剂盒研发需要十几种关键化学原材料，比如酶、合成DNA等。不同企业选择的原材料供货方不同，酶的活性、DNA的纯度就会有差别，这都会影响到核酸检测试剂的准确度。”程京说。
“而在试剂盒产品研发过程中，原材料制备、生产工艺选择、研发人员能力、技术手段使用，每一个环节都有可能产生偏差，误差累计起来也会导致试剂盒产品灵敏度出现差别。”程京说。
再者，取样过程不规范也会影响后续的分离和测定结果。以使用最普遍、操作简单的咽拭子采集为例，由于咽部的新冠病毒含量少，所以有可能造成漏检。“虽然只是在咽部拿棉签划几下，但如果没有良好的专业实操技能，样本的采集部位和手法可能不符合规范，就可能直接影响检测结果。”程京表示，此外，刚被感染的病人因体内带毒数量有限，也可能出现检测结果为阴性。
送样本时必须采取冷链运输，如果在运送过程中样本受损，也会影响检测结果。
核酸检测出现假阴性的问题，一度引发用CT影像代替核酸检测试剂确诊新冠肺炎的呼声。近日发布的《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案（试行第五版）》中，在“疑似病例”和“确诊病例”之外新增了一个“临床诊断病例”，并将“疑似病例具备肺炎影像特征者”作为其诊断标准（只限于湖北省之内），这也意味着CT影像结果成了“临床诊断病例”的判定依据。
浙江大学附属第二医院放射科主任医师、中国医师协会放射医师分会呼吸专委会主任委员张敏鸣教授曾指出，CT影像结果阳性也存在误诊可能。他还提到，如果都去做CT检查而忽略防护，容易造成交叉感染。专家表示，无论是CT检查还是核酸检测，都不能保证绝对的准确性。
“尽管核酸检测存在假阴性问题，但核酸检测是病原诊断的一个依据，也是目前确诊的最重要依据。”国家医疗专家组成员、北京大学第一医院感染疾病科主任王贵强表示。