唯物主义的第二阶段是近代形而上学唯物主义，又称机械唯物主义，它是在总结自然科学成就的基础上，丰富和发展了唯物主义，把物质归结为自然科学意义上的原子，认为原子是世界的本原，原子的属性就是物质的属性，因而具有机械性，形而上学性和不彻底性，在自然观上坚持唯物主义，在历史观上坚持唯心主义，以孤立的、静止的、片面的观点解释自然界和认识论问题的哲学学派。
否认自然界是一个相互联系的统一整体，否认事物内部因矛盾而引起的发展变化，认为自然界和人类社会实质上是不变的，即使有变化，也不过是量的增减或场所的变更，没有质变，也没有飞跃;离开人的社会性，不了解认识对实践的依赖关系，把认识看作是直观的、消极的、被动的反映，把抽象的理性、天性、情感等属于社会意识的现象当成社会发展的决定力量。
特注：形而上学唯物主义相当于把少年人、青年人、中年人、老年人等看作世界的本原，它强调的是抽象、部分的;朴素唯物主义相当于把张三、李四、王五等具体一人或几人看作世界本原，它强调的是现实、具体、个体的。